Ну не может моя сестрёнка быть такой милой

17-летний Кёсукэ Косака давно не разговаривал со своей младшей сестрой Кирино. Прошло уже несколько лет с тех пор, как они перестали общаться. Кёсукэ не понимал, что случилось, но Кирино начала избегать его, игнорируя все его попытки восстановить контакт. Казалось, их отношения навсегда ушли в прошлое.

Однажды Кёсукэ наткнулся на странный DVD с махо-сёдзё на обложке. Он был уверен, что это не принадлежит ни его родителям, ни сестре, которая работала моделью. Но под обложкой оказалась совершенно другая игра — эроге под названием «Imouto to Koishiyo!», что переводится как «Любовь с младшей сестрёнкой». Попытка Кёсукэ выяснить, чьё это может быть, во время семейного ужина провалилась. Все отрицали свою причастность, особенно отец, который работал в полиции и был убеждённым противником отаку-культуры.

Ночью Кёсукэ проснулся от пощёчины от Кирино, которая потребовала, чтобы они поговорили. Она привела его в свою комнату, где и выяснилось, что диск принадлежит ей. Кирино призналась, что она тайная отаку, увлекающаяся махо-сёдзё и хентайными играми. Более того, она имела особый интерес к играм, где рассказывается о любви между братом и сестрой. Так началась новая глава в жизни Кёсукэ и Кирино, полностью изменившая их отношения.