Исчезновение Харухи Судзумии

Наступает середина декабря, и глава клуба SOS, Судзумия Харухи, решает, что Рождество будет проведено в комнате клуба с рождественским ужином. Все члены клуба с энтузиазмом принимаются за подготовку к этому празднику. Однако, вскоре после этого, Кён замечает странности в поведении своих друзей и окружающей действительности.

По дороге в школу Кён обнаруживает, что разговор с Танигути становится невозможным – тот внезапно заболевает и не помнит вчерашних событий. В классе нет Харухи, а Рёко Асакура, которая должна быть мёртвой, сидит на её месте и ведёт себя как ни в чём не бывало. Микуру Асахина не узнаёт Кёна, а Нагато, которая должна быть инопланетянкой, теперь обычная девушка и единственный член литературного клуба.

Кён понимает, что ни клуб SOS, ни Судзумия Харухи никогда не существовали в этой школе. Все его друзья и знакомые ведут себя странно, и он оказывается в мире, который кажется ему знакомым, но в то же время совершенно иным. Что же произошло, и как Кён сможет вернуть всё на свои места, остаётся загадкой.