Лиричная волшебница Наноха

История повествует о Нанохе Такамачи, 9-летней школьнице, живущей обычной жизнью вместе с родителями, старшим братом и сестрой. Однако её мир переворачивается с ног на голову, когда она спасает раненого говорящего горностая по имени Юно Скрая. Этот странный существо оказывается магом из параллельной вселенной, который прибыл на Землю с важной миссией.

Юно — археолог, и его цель — собрать двадцать одно «Драгоценное Семя», древние артефакты, обладающие огромной силой. Эти семена, впервые обнаруженные им в своём мире, даруют сверхъестественные способности тем, кто с ними контактирует, но часто превращают их в опасных монстров. Раненный одним из таких монстров, Юно вынужден положиться на помощь Нанохи, которая тем временем ухаживает за ним в его форме горностая.

Юно даёт Нанохе «Интеллектуальное Устройство» — волшебную палочку под названием «Raising Heart». Неожиданно для обоих, Наноха демонстрирует невероятные магические способности. Так начинается их совместное путешествие по сбору Драгоценных Семян, в котором они сталкиваются с монстрами и опасностями. Однако они не знают, что не одни стремятся заполучить эти могущественные артефакты.